工程研究中心将按照现代股份制企业运行，实行理事会和学术委员会领导下的中心主任负责制。设立工程研究中心理事会、学术委员会、中心主任办公室、科学智能计算实验室、多源空间信息融合与数字技术研究室、气象信息技术服务创新研究室、综合管理办公室、成果转化部、市场运营部，保障中心的日常运行。
各机构相应职能如下：
理事会设立由学校、企业、政府三方参与的校企合作理事会，南京信息工程大学陈海山校长任理事会理事长。
中心定期召开理事会和工作会议，行使工程中心重大事项决策权。
吸纳学校、相关企业、地方政府人员三方共同参与理事会会长：陈海山 南京信息工程大学 校长 教授
中心主任：由我校与参与共建单位友好协商决定，副主任由校方和共建单位指定人员担任。
主任与副主任负责决定科研、产业和行政管理工作有关事项的决策；组织拟定和实施中心发展规划、基本管理制度、重要行政规章制度等事务；负责中心教师队伍建设；组织拟定和实施经费预算等；开展科研和成果转化等活动；组织中心对外交流与合作等。
下设科学智能计算团队与社交网络挖掘创新应用团队 2 个科研团队，开展科学计算与人工智能融合技术研发工作；开展机器学习及社交网络挖掘创新应用研发工作。
下设多源空间信息融合与数字技术创新团队，基于新一代信息技术，聚焦发展多源空间信息融合与数字技术。
下设气象信息技术服务创新团队，中心瞄准国内外气象行业信息化研究的前沿和热点话题，聚焦气象信息技术服务提供与应用创新，形成气象业务服务开发、新一代气象应用软件开发、气象服务标准化及本体知识库四个研究方向，为气象行业中的信息共享、信息服务、信息系统建设和数据挖掘提供有效解决方案。
负责成果转化的相关事宜，包括高新企业的孵化，与相关企业的对接，产品的市场潜力评估等。
负责中心对外形象及产品宣传、市场开拓与分析、产品销售及售后服务、技术咨询、工程项目投标、合同管理等。
下设财务处和管理处，财务处负责中心的财务管理与资产管理，管理处负责日常事务的管理。
